In de X eeuw duikt deze plek ook op in Moorse geschriften. Het had een groot kasteel in die tijd. Hiervan is echter bijna niets meer over. De grote aarbeving van Lissabon in 1755 vernietigde veel en dus ook het kasteel. De laatste restjes werden in 1963 afgebroken om er een hotel te bouwen... In de beginjaren viel deze regio onder het kalifaat van Cordoba maar toen dat instorte kwam het geleidelijk aan onder het bewind van het Kalifaat van Sevilla. In 1239 werd Ayamonte echter al weer veroverd van de Moren door de Portugezen. Dit bleef in hun handen tot het in 1335 in Spaanse handen kwam onder het bewind van Niebla. Dit duurde tot 1475 toen een eigen district werd opgericht. In 1521 steeg het al een rang hoger en kreeg het zijn eigen Markies. Door de eeuwen heen ontwikkelde het zich tot een belangrijke stad in dit deel van Huelva. Dank zijn toegang tot de zee en de grens met Portugal zorgde voor een belangrijke regio functie.  Momenteel is het kleine stadje een veel bezochte plek vooral door Portugezen welke natuurlijk vlakbij zijn en zo een uitje hebben. Er zijn dan ook veel terrassen en restaurants en natuurlijk winkeltjes.